闰四月上旬，齐军前锋进至东流县，奉惠登相之命镇守东流的明将尤高弃城而逃。
五月一日，孔有德、尚可喜突袭叛军老巢，赣南门户临川，守军拼死顽抗，城中百姓同仇敌忾，孔尚进展缓慢，双方如菜鸡互啄，也陷入拉锯战。
不过消息传到赣南前线，明军震恐，因为他们的家眷都在临川。
一时之间，明军军心动摇，惠登相不得不下令全军撤退，回援临川。
胡有升获知消息，开城尾随追击，明军急于撤退，一路损失军马辎重无数，仓皇撤回临川，向孔有德尚可喜发起猛攻。
五月十九日，惠登相主力至临川城郊，击败孔有德部，迅速入城，明军紧急加固城防，准备长期固守。
齐军三路大军共计四万人马，完成了对临川府城的第二次包围。
邓长雄指挥三路人马，先扫除外围，切断府城同其他州县的联系。
尚可喜招募数万百姓，在东起王家渡，西至鸡笼山一带挖濠沟，筑土城。
与此同时，孔有德在赣江文家坊至杨子洲段架设浮桥三座。
百姓参与挖壕架桥者，每人每天可得五十文钱，两顿米饭，无酒有肉。
明史记载“重赏之下，江右各地刁民，争相从贼围城，临川遂不支”
六月初，挖壕架桥工程基本完毕。
马进忠在蒲子塘驻营，筑高台于永和门东二里。台高十余丈。可以将城内详情一览无余。
惠民门外则有围濠缺口十余丈，临川平民可以自由出入，用以进一步瓦解守军士气。
临川城中，明军早已军心溃散，吴尊周等将领以求援为借口，纷纷出城投降齐军。
到七月初，城中剩余明军，连同江西、江南，湖南各地聚拢而来的明国遗老，齐军叛逆，三寸金莲教信徒，白莲教众，福建海贼余孽各路牛鬼蛇神共计八万余人坐守孤城，困兽犹斗，准备与城外齐军做最后一搏。
七月十日，齐军于城外架炮千门，“昼夜攻打，几破两门”。
明军将江西各地精良火器集中于临川，死战不退，攻城颇为艰难。
七月十二日，惠登相披坚执锐，亲自出城袭击攻城最卖力的尚可喜部，一战击杀尚总兵，大败齐军，斩杀各部兵马一千余。
坐镇南昌的邓长雄闻之大怒，命令三路大军限期攻克临川城。
见攻城无果，齐军决定长期围城。
临川物资储备充足，但也架不住被长期围困，一个月后，便快出现粮荒。
城中米价涨到十两银子一石，接着是一百两。
城中禽畜、老鼠，草根，树叶，树皮陆续被守军吃完，接着开始人吃人。
男人被称为“雄鸭”；女人被称为“伏鸡”；带刀者被称为“有毛”；无刀者被称为“无毛”；一旦碰到“伏鸡”和“无毛”的人，人们便会群起而食之。
惠民门外缺口每天都有临川平民逃走，这些想要逃离这座地狱的人，大都被守军用弓箭火铳杀死。
至广德元年十月十八日，齐军运来大批攻城野战炮，神火飞鸦，水师派来增援的两艘主力舰驶入河道，准备用巨型舰炮，猛烈炮击。
十九日，万炮齐响，“声闻百余里，山谷皆震”。