南中郎典签董元嗣当时正从建康返回五洲前线，将刘劭弑逆的消息告知刘骏。
刘骏遂谋划起兵，准备讨伐刘劭。
刘劭篡位后，因刘骏手握重兵，对其非常忌惮。
他密谋致信给沈庆之，让沈庆之杀死刘骏，夺其兵权。
但沈庆之却根本无意帮助刘劭。他求见刘骏，将刘劭的密信呈上。
刘骏误以为沈庆之是要杀死自己，哭着请求在死前能与母亲诀别。
沈庆之向刘骏表明心迹，表示是要辅顺讨逆。
刘骏连称家国安危，在于将军，让沈庆之召集军队，进行军事部署。
主簿颜竣得知刘骏欲举兵讨逆，认为此时起兵并非良机，建议先联合四方藩镇，结果遭到沈庆之的厉声呵斥。
刘骏忙斥退颜竣，命沈庆之继续安排起事。
“沈庆之整备军队，不到十天便将起事之事全部安排妥当，时人都认为是有神兵相助。”
“不久，刘骏率军返回江州，顺江东下，向建康进发。”
“沈庆之被任命为征虏将军、武昌内史、南中郎司马，亦随大军东讨。”
“刘骏一路长驱直进，很快便逼近建康，并接受沈庆之、柳元景等诸将的劝进，于新亭称帝，史称宋孝武帝。”
“他大封功臣，以沈庆之为领军将军、散骑常侍。”
“不久，刘骏攻破建康，擒杀刘劭，讨平刘劭之乱。”
“沈庆之因功改任使持节、都督南兖豫徐兖四州诸军事、镇军将军、南兖州刺史，出镇盱眙。”
“并进封南昌县公，食邑三千户，后又移镇广陵。”
“孝建元年，荆州刺史南郡王刘义宣联合江州刺史臧质、豫州刺史鲁爽，起兵叛乱，同攻建康，朝野震动。”
“刘骏忙召沈庆之入朝，让他率部屯驻武帐岗，守御京师六门。”
“当时，鲁爽驻军大岘。”
“左军将军薛安都渡江征讨鲁爽，却因历阳太守张幼绪怯战，失利而回。”
“刘骏遂命沈庆之赶赴江北，统率诸军总督战事。”
“鲁爽本欲与臧质会师，但却一直没有等到臧质，以致粮草匮乏。”
“他听闻沈庆之北上督战，决定退守根据地寿阳，遂拔营撤退。”
“薛安都率轻骑追击，最终在小岘将鲁爽斩杀。”
“不久，沈庆之督军攻取寿阳，讨灭江北叛军。”
“因功进拜镇北大将军、都督青冀幽三州诸军事，并获赐鼓吹一部。”
“刘义宣此时已与臧质联军东进，攻至鹊头。”
“沈庆之将鲁爽首级送到刘义宣军中，极大地打击了叛军的士气。”
“就在当年的六月，刘义宣、臧质兵败于梁山洲，相继被杀。声势浩大的刘义宣叛乱至此彻底平定。”
“刘骏论功行赏，加授沈庆之为开府仪同三司。”
“沈庆之上疏力辞，又被改封为始兴郡公。””
“孝建二年，沈庆之以年满七十为由，上表请求致仕。”
“刘骏改授沈庆之为侍中、左光禄大夫、开府仪同三司。”
“但沈庆之不肯接受任命，前后数十次上表推辞，都被刘骏拒绝。”